La OMA está administrada por el Consejo y la Comisión de Política (24 Miembros), asesorados financieramente por el Comité de Finanzas (17 Miembros). Esta organización internacional trabaja a través de sus Comités y de su Secretaría, los que se encargan de cumplir las tareas definidas en las actividades claves del Plan Estratégico de ésta, el cual es sometido cada año a la aprobación del Consejo.
Consejo.- Es el órgano rector de la OMA cuya función es adoptar el Plan Estratégico en el marco de sus lineamientos, actividades y principales objetivos. Anualmente se realiza la reunión del Consejo de Cooperación Aduanera en la cual participan los 179 Miembros de la OMA.
El Consejo está compuesto por:
Comité de Políticas (compuesto por 24 Miembros).
Comité de Finanzas (compuesto por 17 Miembros) .
Grupo Estratégico de Alto Nivel.
Comités Técnicos.
Sistema Armonizado.
Permanente.
Cumplimiento.
Origen.
Valoración.
Fortalecimiento de Capacidades.